In der Entstehungszeit der Markgrafenkirchen ist ein Wandel bzw. eine Weiterentwicklung in der Gestaltung des Kirchenraumes festzustellen.
Zunächst waren noch deutliche Anlehnungen an traditionelle Vorbilder mit einem gewölbten und erhöhten Altarraum und einer davon abgesetzten Kanzel erkennbar. Nach und nach bildete sich in der Raumgestaltung die schlichte rechteckige Saalkirche heraus, bei der auf eine Abtrennung bzw. gestufte Absetzung des Altars vom Kirchenschiff ebenso verzichtet wurde wie auf ein Querschiff.
In vielen dieser Kirchen findet sich ein sogenannter Kanzelaltar, d.h. eine Komposition, bei der die Kanzel, also der Ort der Wortverkündigung, an zentraler Stelle in den Altaraufbau integriert ist.
Vor dem Altar steht oft das Taufbecken, so dass sich ein gestalterischer Dreiklang ergibt. Dieser spiegelt die lutherische Theologie wider, in der die Predigt neben den beiden Sakramenten Taufe und Abendmahl eine herausragende Stellung einnimmt.
Über dem Altar steht in vielen Kirchen die Orgel, das Instrument zum Lob Gottes.
